К лету 1941 г. Краснознаменный Балтийский флот (КБФ) являлся самым мощным оперативно-стратегическим объединением советского Военно-Морского Флота, но  после августа 1941 года (событие, известное в РФ как Таллинский прорыв”, в Германии - “Минное сражение при Ревеле”, в остальных странах - “Советская эвакуация из Таллина”) он резко снизил свою боевую эффективность. В ходе «Таллинского прорыва»  погибли, не сумев нанести существенного  вреда противнику, тысячи бойцов и командиров 10-го стрелкового корпуса, получивших боевой опыт в боях за столицу Советской Эстонии. В то же время удалось сохранить часть флота, что позволило усилить оборону Ленинграда.

Балтийский флот стал важным участником обороны Ленинграда. Например, корабельная артиллерия линкора «Октябрьская революция» с августа 1941 года обстреливала позиции вермахта на подступах к городу, выпустив за годы блокады тысячи снарядов. C 1943 году линкор  «Октябрьская революция» принимал участие в операции «Искра» по прорыву блокады Ленинграда, а в 1944 году провел боевые стрельбы на Карельском перешейке.

Подлодки типа «Щука» и «Малютка» нарушали морские коммуникации противника в Финском заливе, а катера «МО-4» эвакуировали раненых и доставляли грузы по Ладожскому озеру. Особую роль сыграли моряки-краснофлотцы в сухопутных сражениях: так, 1-я особая бригада морской пехоты под командованием полковника Т.М. Парафило в октябре 1941 года сражалась у Петергофа.